Historie katedry se datuje již od roku 1954, kdy byla na tehdejší Vysoké škole chemicko-technologické v Pardubicích založena Katedra chemického inženýrství skládající se ze dvou oddělení – chemického inženýrství a automatizace a strojnictví. Samostatná katedra pak vznikla v roce 1960 osamostatněním oddělení automatizace a strojnictví a nesla název Katedra automatizace chemických výrob. Zpočátku sídlila v prostorách staré budovy Výzkumného ústavu syntetických pryskyřic a laků v ulici S. K. Neumanna (dnes SYNPO). První laboratoře byly vybudovány ještě před vznikem katedry v rámci oddělení automatizace v budově "U Frančíků" (dnešní budova ZUŠ v Havlíčkově ulici). Výuka v laboratořích měřicí a regulační techniky byla zahájena již v akademickém roce 1956/57.
Po přestěhování do nových prostor v roce 1965 a po vzniku výpočetního střediska v roce 1968 začala katedra kromě předmětů oboru zajišťovat také výuku předmětů souvisejících s výpočtetní technikou na celé vysoké škole.
Ve vědeckovýzkumné činnosti se katedra zaměřovala zejména na automatizaci chemických a příbuzných oborů a to v oblasti základního i specifického výzkumu ve spolupráci s řadou partnerů z akademického i průmyslového prostředí.
V roce 2007 byla celá katedra převedena na nově vzniklou Fakultu elektrotechniky a informatiky, čímž bylo změněno zaměření katedry ve skladě vyučovaných předmětů i ve výzkumu. V oblasti základního i aplikovaného výzkumu se pracovníci katedry věnují zejména moderním metodám řízení, jako jsou adaptivní, optimální, vícerozměrové a prediktivní řízení, některým oblastem umělé inteligence, matematickému modelování, experimentální identifikaci a optimalizaci dynamických systémů, vývoji řídicích aplikací s využitím mikroprocesorů, mechatronice a robotice.
V roce 2024 došlo ke sloučení Katedry řízení procesů s Katedrou matematiky a fyziky a v souvisloti s tím vznikla nová Katedra automatizace a matematiky. Do názvu katedry se tak po více jak 20 letech vrátilo slovo "automatizace". Zároveň se rozšířilo portfolio vyučovaných předmětů a oblast vědeckovýzkumné činnosti o matematiku, fyziku a jejich aplikace.
