Děkan
doc. Ing. Petr Doležel, Ph.D.
sekretariát děkana
Proděkani
doc. Ing. František Dušek, CSc. (pověřený řízením činností pro vzdělávání)
Ing. Lukáš Čegan, Ph.D. (proděkan pro vnitřní rozvoj a vnější vztahy, statutární zástupce děkana)
Ing. Tomáš Zálabský, Ph.D. (proděkan pro vědu a tvůrčí činnost)
Ostatní orgány fakulty
Oddělení pro ekonomiku a provoz
Oddělení pro vědu a výzkum
Oddělení pro rozvojové projekty
Disciplinární komise
Akademický senát
Kolegium děkana
Vědecká rada
Rada studijních programů
Oborová rada FEI