Děkan
prof. Ing. Petr Doležel, Ph.D.
sekretariát děkana
Proděkani
Ing. Daniel Honc, Ph.D. (proděkan pro vzdělávání a kvalitu)
Ing. Zdeněk Němec, Ph.D. (proděkan pro vnitřní rozvoj a vnější vztahy, statutární zástupce děkana)
Ing. Tomáš Zálabský, Ph.D. (proděkan pro vědu a tvůrčí činnost)
Ostatní orgány fakulty
Oddělení pro ekonomiku a provoz
Oddělení pro rozvoj a projektovou podporu
Oddělení propagace
Disciplinární komise
Akademický senát
Kolegium děkana
Vědecká rada
Rada studijních programů
Oborová rada FEI