Laboratoř mechatroniky je specializovaná laboratoř s vybavením pro výuku mechatroniky a programování řídích jednotek. V laboratoři jsou k dispozici stavebnice od výrobců Lego, FischerTechnik a Parallax. Laboratoř je doplněna čtyřmi počítači Dell, projektorem a dalšími výukovými pomůckami.
V této laboratoři jsou vedeny kroužky mechatroniky pro žáky základních škol a studenty středních škol, vybavení také slouží posluchačům FEI pro řešení bakalářských a diplomových prací v oblasti mechatroniky a programování řídích robotických jednotek.
