Historie Fakulty elektrotechniky a informatiky sahá do roku 2001. Tehdy byl akreditován univerzitní studijní program Informační technologie se stejně nazvaným oborem. Pro zabezpečení jeho výuky vznikl v lednu 2002 Ústav informatiky Univerzity Pardubice. V následujícím roce se ústav rozšířil o druhý bakalářský studijní program Elektrotechnika a informatika s oborem Komunikační a mikroprocesorová technika a došlo také k přejmenování Ústavu informatiky na Ústav elektrotechniky a informatiky.
V roce 2007 byly akreditovány navazující magisterské studijní programy se studijními obory Komunikační a řídicí technologie a Informační technologie. Následovalo rozšíření akreditací o bakalářský a později i navazující magisterský studijní program s oborem Řízení procesů. V lednu 2008 vzniká nová fakulta Univerzity Pardubice, Fakulta elektrotechniky a informatiky. V roce 2009 získala fakulta akreditaci prvního doktorského studijního programu Elektrotechnika a informatika s oborem Informační, komunikační a řídící technologie v českém a anglickém jazyce.
V současné době fakulta nabízí pět bakalářských, tři navazující magisterské a dva doktorské studijní programy, čímž reaguje na potřebu vysokoškolsky vzdělaných specialistů v oblastech vzdělávání Elektrotechnika, Informatika a Kybernetika.
